特殊染色是指与普通染色即苏木精和伊红（HE）染色相对而言的组织切片染色技术。它主要是利用组织和细胞对染料的亲和力、摄取及丢失速率等物理学特性的差异进行组织染色，从而显示正常和病理的组织与细胞中某些特定成分，如结缔组织、肌肉组织、神经组织等。

1.刚果红：证实某些肿瘤中存在淀粉样物而做出诊断和鉴别诊断，如甲状腺髓样癌、肺小细胞癌和胰岛细胞瘤等。局限性淀粉样物沉积症（淀粉样瘤）的诊断及鉴别诊断，喉、舌、肺、皮肤、眼和膀胱等处淀粉样瘤可以用淀粉样物染色显示，用以与其他肿瘤和瘤样病变（如声带息肉、颗粒细胞瘤、钙化上皮瘤与炎性假瘤等）鉴别。

                                                       甲状腺髓样癌刚果红染色

2.阿辛蓝：阿辛蓝是一种阳离子染料，与酸性基团形成盐后，使胞质中的酸性粘多糖染成蓝色，定位于胞质内。

                                                              胫前黏液水肿阿辛蓝染色

3.抗酸染色：抗酸染色是一种细菌染色法，能够将分枝杆菌染成红色而其他的细菌为蓝色。可用于结核杆菌、麻风杆菌、非典型分枝杆菌等的诊断。

                                                               结核感染抗酸杆菌染色

4.Mason三色染色:纤维组织或胶原纤维呈绿色,肌组织呈红色。三色染色主要用于区分胶原纤维与肌纤维及其他成分，包括以下几个方面：鉴别瘢痕组织与淀粉样物或纤维素，鉴别梭形细胞肿瘤为纤维源性还是肌源性或神经源性，证实早期肝硬化小叶之间有少量增生的胶原纤维，尸检时证实心肌梗死中的瘢痕灶。

                                                              肾穿刺组织Mason三色染色

5.弹力纤维染色：弹力纤维是一种纤维，又名黄纤维，在人体中分布广，主要分布于皮肤、肺、动静脉、结缔组织以及韧带、弹性软骨中，尤以大动脉和肺最常见。它呈细丝状，位于细胞外基质，主要由弹性蛋白和微纤维构成。弹力纤维呈蓝黑色，胶原纤维呈红色，肌纤维和红细胞呈黄色。 在肺癌中判断有无胸膜侵犯：弹力纤维染色用于判断肺癌是否有脏层胸膜侵犯，有助于评估肺癌患者的预后，有脏层胸膜侵犯的患者预后较差。弹力纤维瘤的诊断：弹力纤维染色可见瘤样病变内有大量弹力纤维增生，非真性肿瘤。有弹力板者为动脉，有弹力纤维构成血管轮廓者为血管。

                                                                    弹力纤维瘤弹力纤维染色

6.MGG染色：将细胞核染成紫红色，细胞质和核仁染成蓝紫色。迈格姬(MGG)染色,有迈-格氏染液和姬氏染液两种成分。用于胸腹水、尿液、乳头溢液及细针穿刺的细胞涂片染色,具有简单、省时,并能有效地显示胞浆、胞核的微纸结构及细胞内外某些化学物质等特点。 MGG染色因未经乙醉固定,细胞不收缩,镜检时同样的细胞要比HE染色时约大半倍,且核仁、核分裂象等特征显示更清楚。因此,对小细胞性肿瘤如血液病、淋巴耀等诊断非常有利。卵巢浆液性囊腺癌腹术的MGG色徐片中,能显示单个癌细胞表面的绒毛样突起,鲜艳红染,位于细胞一侧非常醒目,可被认作特异性诊断指标。再结合腺癌细胞的一般特征及乳头样结构,即可诊断。 MGG染色涂片中,涎腺肿瘤的成团粘液样基质可染成鲜艳的猩红色,其边缘可呈放射状,毛刷状或细丝状不规则形,也可呈丝状或薄纱状围绕瘤细胞分布。MGG染色的腮裂囊肿、表皮囊肿等穿刺涂片,胆固醇结晶呈长方形正方形及菱形等多种形态,数量多选亮而有折光;吞噬细胞中的含铁血黄索颗粒呈暗绿色,在紫红、紫蓝色的背景中清晰可见。MGG染色对细菌及霉菌染呈紫蓝色,退变细胞核染呈浅紫红色不规则云雾状,因而色浅醍目。

                                              MGG染色：细胞核呈紫红色，细胞质呈蓝紫色

7.网状纤维染色。

网状纤维是一种纤细的纤维。它沿着网状细胞和突起分支,并互相交织成网,因而被称为网状纤维,又因这种纤维对银的浸染着色特别显著。故又称为嗜银纤维。主要分布于骨髓、脾、淋巴结、肝和肺等脏器。癌组织中间未见有网状纤维,但在其边缘可见有大量的网状纤维围绕,俗称癌巢。网状纤维呈黑色。

鉴别癌与肉瘤，区分血管内皮肿瘤和血管外皮肿瘤，区分脑膜瘤与星形细胞瘤，观察肝脏病变中肝组织纤维化。

                                                     肝组织网状纤维染色

8..亲银和嗜银细胞染色主要用于证实神经内分泌细胞及相关肿瘤。

(1)亲银染色:肠嗜铬细胞中,含有其他胺类激素(5-羟色胺)的细胞显示黑色胞质颗粒。

(2)嗜银染色:含有胺类激素和驮类激素(神经肽)的细胞显示黑色颗粒。甲状腺髓样癌、垂体腺瘤、胰岛细胞瘤、皮肤Merkel细胞癌与小细胞癌大多嗜银染色阳性。

胃肠道神经内分泌肿瘤（类癌）大多嗜银染色阳性，而少数亲银染色阳性（主要是起源于中肠的类癌，少数起源于后肠）。另外，这些银染色法也可以用于证实网状纤维和黑色素。

                Masson-Fontana黑色素银浸染色法

黑色:黑色素及银细胞颗粒

9.PAS染色:显示糖原、一些中性黏多糖、富于涎酸的酸性黏多糖。PAS染色法可以用于证实糖原、中性黏液、基膜、某些真菌和寄生虫等。

证实含有糖原的肿瘤：如肝细胞癌、肾透明细胞癌、肺糖原瘤、卵巢透明细胞癌、透明细胞汗腺瘤、Brenner瘤、骨骼肌肉瘤及Ewing肉瘤等。证实早期癌有无基膜突破：结合银染法证实早期癌有无基膜突破及某些肾病中肾小球毛细血管基膜的明显增厚。

证实某些PAS阳性真菌：如白色念珠菌、荚膜组织胞浆菌、隐球菌和芽生菌等。

                                                                      肾小球基底膜PAS染色